jciec malarza, Franciszek Ksawery Matejko, właśc. František Xaver Matějka (Matieyka), był Czechem, urodzonym w Roudnicach koło Hradca Králové jako syn chłopski. Przybył do Galicji w charakterze guwernera i nauczyciela muzyki. Początkowo pracował u rodziny Wodzickich w Kościelnikach (dziś część Nowej Huty),
a następnie przeniósł się do Krakowa, gdzie poślubił Joannę Karolinę
Rossberg (1802–1845), wywodzącą się z polsko-niemieckiej rodziny
zamożnych rymarzy. Franciszek był katolikiem, Joanna – protestantką. Matejkowie zamieszkali przy ulicy Floriańskiej w Krakowie.
Jan był dziewiątym dzieckiem, z jedenastu, jakie mieli państwo
Matejkowie (było wśród nich dziewięciu chłopców i dwie dziewczynki). Gdy
Jan miał siedem lat, zmarła jego matka; dziećmi zajęła się jej siostra.
Śmierć matki niewątpliwie wywarła wpływ na osobowość przyszłego
malarza. Jego dzieciństwo obfitowało w lęki i przykrości[1], nie zaznawał także raczej przesadnie starannej opieki (jego złamany nos nie zwrócił niczyjej uwagi i zrósł się krzywo)[2].
Ojciec nie okazywał dzieciom swoich uczuć, był surowy i pozbawiony
akceptacji dla artystycznej pasji syna. Uczęszczał do szkoły św. Barbary
od 1847. Mimo zdradzanych od najmłodszych lat niepospolitych zdolności
plastycznych, z pozostałymi dziedzinami radził sobie z ogromnym trudem.
Także koledzy nie byli dla niego wyrozumiali i, jak pisał Marian Gorzkowski, doświadczał od swych współtowarzyszy pewnego znęcania się nawet[3]. Wkrótce został przeniesiony do Gimnazjum św. Anny
(obecnie I Liceum Ogólnokształcące im. Bartłomieja Nowodworskiego w
Krakowie). Choć Matejko i jego rodzeństwo z pochodzenia w połowie byli
Czechami, czuli się polskimi patriotami, o czym świadczy działalność
wyzwoleńcza dwóch starszych braci Jana.
Brak rodzinnego ciepła po części rekompensowała Matejce przyjaźń z
rodziną Giebułtowskich. O Paulinie Giebułtowskiej pisał później, że była
dla niego jakby drugą matką; często bywał u jej córki Joanny
Serafińskiej w Wiśniczu, a Stanisława traktował jak starszego brata.
